Ministerstvo vnitra navrhuje zavést kolektivní řízení Úřadu pro dohled nad politickými stranami. Kolegium má úkolovat předsedu i členy, schvalovat dokumenty a vyhlášky, plánovat a koordinovat činnost nebo rozhodovat o opravných prostředcích proti rozhodnutí Úřadu a projednávat žaloby na Úřad. V připomínkovém řízení uplatnil Úřad, Nejvyšší soud, Ministerstvo financí, Úřad pro ochranu osobních údajů a Sdružení místních samospráv celkem 17 zásadních připomínek.
Připomínky k návrhu novely zákona o Úřadu pro dohled nad politickými stranami ministerstvo vnitra převážně neakceptovalo, a proto je návrh předkládán s jedenácti rozpory, jejichž autorem je sám Úřad pro dohled nad politickými stranami. Samo vnitro už v zákoně řeší rozporuplné příkazy vydávané jednotlivými členy Kolegia. Úřad to označil za neudržitelný stav.
Například Sdružení místních samospráv navrhlo v připomínkovém řízení celý brněnský Úřad zrušit, což bylo ministerstvem označeno jako krok zpět s odkazem na orgán Rady Evropy proti korupci GRECO.
