Evropského žalobce, který bude za Českou republiku součástí Úřadu evropského veřejného žalobce (EPPO), bude vybírat pětičlenná komise v čele s ministrem spravedlnosti, v níž budou mít většinu představitelé státního zastupitelství. Vyplývá to z materiálu, kterým se bude zabývat vláda a který má Česká justice k dispozici.

Výběr evropského žalobce bude fakticky tříkolový, přičemž dvě kola proběhnou na národní a třetí na evropské úrovni. Výběrovou komisi v ČR bude vedle ministra spravedlnosti tvořit nejvyšší státní zástupce, oba vrchní státní zástupci a jeden zástupce jmenovaný ministrem spravedlnosti.
Tato komise pak vybere pět kandidátů, z nichž konečný výběr provede ministr spravedlnosti. Ten také určí dva náhradníky. Jak však vyplývá z předkládací zprávy k materiálu, na evropské úrovni pak proběhne ještě další kolo, kde se bude vybírat z navržených tří národních kandidátů.
Rada EU pak prostou většinou rozhodne, a to na základě doporučení komise, složené z „dvanácti osob vybraných mezi bývalými členy Soudního dvora Evropské unie a Účetního dvora, bývalými národními členy Eurojustu, členy nejvyšších vnitrostátních soudů, státními zástupci na vysoké úrovni a obecně uznávanými právníky“. Šestileté funkční období evropského žalobce je neobnovitelné, avšak může být rozhodnutím Rady prodlouženo o další tři roky. Nařízení navíc každé tři roky počítá s obměnou jedné třetiny evropských žalobců.

Jak již Česká justice informovala, tuzemská úprava vylučuje možnost, aby se o lukrativní post evropského žalobce mohli ucházet i čeští soudci, jakkoliv to příslušná evropská směrnice nevylučuje. Ministerstvo spravedlnosti přišlo aktuálně s třetím důvodem, proč tomu tak má být. „Primárním důvodem předložené koncepce je výběr zkušených, již odborně profilovaných praktiků (i s ohledem na možnost osobní atrakce případu dle čl. čl. 28 odst. 4 nařízení), nikoliv poskytnutí prostoru pro rozvinutí potenciálu soudců, kteří dosud o oblast vyšetřování a stíhání pachatelů trestné činnosti proti finančním zájmům EU neprojevili zájem. Je možno poukázat na skutečnost, že v případě ČR je prostupnost profesí soudce a státního zástupce v případě zájmu relativně bez překážek,“ vysvětluje materiál v části, kde se vypořádávají připomínky resortů.